محمد بن خليفة آل ثاني وزير سابق، وهو أحد أفراد العائلة الحاكمة في قطر، أسرة آل ثاني.
وُلد في الدوحة عام 1965. وهو الأخ غير الشقيق للأمير السابق حمد بن خليفة آل ثاني.
حصل على شهادة البكالوريوس في الإدارة العامة والعلوم السياسية من جامعة جورج واشنطن. وفي أغسطس 1989، تولّى منصب وكيل وزارة المالية والبترول.
شغل منصب وزير المالية والاقتصاد والتجارة بين عامي 1995 و1998. وفي 20 يناير 1998، عُيّن نائبًا لرئيس مجلس الوزراء. وظل في منصبه حتى عام 2003.