محمد المهدي بن محمد بن علي السنوسي ولد عام 1844 م (في الزاوية البيضاء) بمدينة البيضاء في ليبيا. أبوه هو محمد بن علي السنوسي المعروف بالسنوسي الكبير وله أخ أصغر منه بعامين اسمه محمد الشريف السنوسي، يصل نسبه إلى الإمام علي بن أبي طالب الهاشمي القرشي.
محمد المهدي السنوسي هو والد الملك الليبي محمد إدريس السنوسي (أول ملك لليبيا بعد الاستقلال).
لما توفي والده كان محمد المهدي السنوسي لا يزال حدثاً، فأقيم مجلس وصايا من عشرة من الشيوخ، ليِعنى بأمر السنوسية إلى أن يبلغ المهدي رشده. ولما تم ذلك اعتنى هو بإدارة السنوسية وتوجيهها، وانصرف أخوه محمد الشريف إلى الشؤون التعليمية.