في 21 أكتوبر 1993، وقعت محاولة انقلاب في بوروندي من قبل فصيل من الجيش بقيادة شعب التوتسي. أسفرت محاولة الانقلاب عن اغتيال الرئيس، ملشيور ندادايي، من شعب الهوتو، بالإضافة إلى مقتل مسؤولين آخرين في الخط الدستوري للتعاقب الرئاسي. عين الجيش فرانسوا نغيزي رئيسًا جديدًا لبوروندي، ولكن فشل الانقلاب نتيجة الضغط المحلي والدولي، وأصبحت رئيسة الوزراء سيلفي كينيغي مسؤولة عن الحكومة.
بعد فترة طويلة من الحكم العسكري من قبل ضباط الجيش التوتسيين، مرت بوروندي بعملية انتقال ديمقراطي في بداية تسعينيات القرن العشرين. أُجريت الانتخابات الرئاسية والبرلمانية في يونيو 1993، وفازت جبهة الديمقراطية في بوروندي التابعة للهوتو، وحلت محل اتحاد التقدم الوطني الحاكم والرئيس بيير بويويا. شُكلت حكومة ائتلافية جديدة في 10 يوليو، وعُين قائد جبهة الديمقراطية في بوروندي المدعو ندادايي أول رئيس لبوروندي من الهوتو. كانت فترة حكم ندادايي سلمية إلى حد كبير، ولكن عانت بوروندي من العديد من الاضطرابات الاجتماعية السياسية. عاد إلى البلاد الآلاف من اللاجئين الهوتو البورونديين ممن فروا من العنف السياسي سابقًا عودةً جماعية، وأعادت الحكومة النظر في مختلف العقود والتنازلات الاقتصادية التي قدمتها الأنظمة السابقة وبدأت بإصلاح الجيش. هددت هذه الأفعال مصالح نخبة رجال الأعمال التوتسيين وضباط الجيش. بدأت عناصر الجيش تخطط لانقلاب في ظل هذه التغييرات. ما تزال الهوية الدقيقة للأفراد الذين حبكوا المؤامرة غير معروفة، على الرغم من الاشتباه الكبير في تورط نغيزي وجان بيكوماغو، رئيس هيئة أركان الجيش، والرئيس السابق جان باتيست باغازا، وبويويا.
في الصباح الباكر من يوم 21 أكتوبر 1993، اتخذت وحدات من الجيش مواقعًا حول بوجومبورا وشنت هجومًا على القصر الرئاسي. أُسر ندادايي بعد عدة ساعات ونُقل إلى معسكر للجيش حيث قُتل. استهدف الانقلابيون أيضًا القادة البارزين في جبهة الديمقراطية في بوروندي، وقتلوا رئيس الجمعية الوطنية، بونتين كاريبوامي، ونائب رئيس الجمعية الوطنية، جيل بيمازوبوت، ووزير الشؤون الداخلية والتنمية المجتمعية، جوفينال ندايكيزا، ومدير المخابرات، ريتشارد نديكوموامي. قضى مقتل كاريبوامي وبيمازوبوت على الخط الدستوري لتعاقب الرئاسة. نجت شخصيات حكومية أخرى، منها كينيغي، عبر الفرار أو اللجوء إلى السفارة الفرنسية. شكل الجيش في وقت لاحق من اليوم نفسه لجنة أزمات، وعينت نغيزي رئيسًا جديدًا لبوروندي. تسبب الإعلان عن وفاة ندادايي في قيام أعمال عنف عرقية شديدة، إذ شرع الفلاحون الغاضبون من الهوتو وأعضاء جبهة الديمقراطية في بوروندي بقتل التوتسيين. رد الجيش على العنف بذبح الهوتو. أدان المجتمع الدولي ومنظمات المجتمع المدني الانقلاب، وطالبوا بإعادة الحكم الدستوري. في مواجهة هذه التحديات، أمر بيكوماغو الجيش بالعودة إلى ثكناته بعد ظهر يوم 23 أكتوبر، وأعلنت حكومة كينيغي بعد يومين إلغاء جميع إجراءات الطوارئ التي أعلنها الانقلابيون.
تركت محاولة الانقلاب رئيسة الوزراء كينيغي، وهي المسؤول المدني الأعلى رتبة من بين الناجين، الرئيس الفعلي لدولة بوروندي. أُعيد تشكيل المؤسسات الحكومية المدنية بصورة جدية في ديسمبر. قمعت المحكمة الدستورية التي هيمن عليها التوتسيون جميع محاولات الجمعية الوطنية لانتخاب رئيس تالٍ لندادايي، ونجحت رغم ذلك في انتخاب سيبريان نتارياميرا رئيسًا لبوروندي عام 1994. توفي نتارياميرا في أبريل وخلفه سلفستر نتيبانتونغانيا في الحكم، واستمر العنف العرقي وطالب اتحاد التقدم الوطني بالمزيد من الترتيبات الدستورية التي تصب في مصلحتهم. أُصيب بعض أعضاء جبهة الديمقراطية في بوروندي بالإحباط وانشقوا عن الحزب وشكلوا مجموعات متمردة، ما أدى إلى اندلاع الحرب الأهلية البوروندية.