كانت محادثات جوبا عبارة عن سلسلة من المفاوضات بين حكومة أوغندا ومجموعة متمردي جيش الرب للمقاومة بشأن شروط وقف إطلاق النار وإتفاق سلام محتمل.
بدأت المحادثات التي عقدت في جوبا، عاصمة جنوب السودان المتمتعة بالحكم الذاتي في يوليو 2006 وتوسط فيها ريك مشار نائب رئيس جنوب السودان.
و وصفت هذه المحادثات التي أسفرت عن وقف إطلاق النار بحلول سبتمبر 2006م بأنها أفضل فرصة للتوصل إلى تسوية تفاوضية للحرب المستمرة منذ 20 عاماً. ومع ذلك رفض زعيم جيش الرب للمقاومة جوزيف كوني التوقيع على اتفاق السلام في أبريل 2008.
وبعد شهرين شن جيش الرب للمقاومة هجوماً على بلدة جنوب السودان، مما دفع حكومة جنوب السودان إلى الانسحاب رسميًا من دور الوساطة.