المجهر الفلوري أو (المجهر الفسفوري) (بالإنجليزية: Fluorescent Microscope) هو مجهر ضوئي يستخدم في دراسة خصائص المواد العضوية وغير العضوية باستخدام ظاهرة الفلورية الفسفورية بدلا من أو إضافة إلى الانعكاس أو امتصاص.
تشبه المجاهر الضوئية مع وجود إضافات عليها لتزيد من قدرتها على التكبير.