مجلس وزراء اليابان (باليابانية: 内閣 نايكاكو) هو السلطة التنفيذية لحكومة اليابان. يترأسه رئيس الوزراء ووزراء يبلغ عدد 14 كحد أقصى.
يعين إمبراطور اليابان رئيس الوزراء الياباني بناء على توصية البرلمان ، ويختار رئيس الوزراء من بين أعضاء البرلمان على أن يحصل على ثقة مجلس النواب بشكل دائم للبقاء في منصبه، ويقوم رئيس الوزراء بتعيين وعزل الوزراء.
تشكيل وسلطات مجلس الوزراء الياباني بشكله الحالي تجري تبعا لدستور اليابان الذي وضع بعد الحرب العالمية الثانية، أما قبل ذلك فكان مجلس الوزراء تحت دستور ميجي تابعا لسلطة الإمبراطور.