المجرى المائي هي قناة تجري فيها كمية من الماء باستمرار، قد تكون ذات مصدر طبيعي أو اصطناعي من إنشاء بني البشر.
تشمل المجاري المائية الأنهار والجداول والقنوات.
عندما يكون المجرى المائي قابل للملاحة يدعى عندئذ باسم معبر مائي.
ويعتبر المجرى المائي جزءا من دورة المياه في الطبيعة، حيث يتم انتقال الماء من مصدره الأساسي الذي يكمن في الأنهار الكبيرة , الجبال أو البحيرات ، ويصل في نهاية مساره إلى البحيرات الكبرى أو المحيطات .
تعد طبيعة البيئة المحيطة ، الموقع الجغرافي ، حجم المياه المتدفقة من الأسباب الرئيسية لاختلاف خصائص المجاري المائية .
كما أنه تُساهم المجاري المائية في توفير المياه العذبة للزراعة والشرب والصناعة بالإضافة إلى دعم التنوع البيولوجي.