مثلث المرجان (بالإنجليزية: Coral Triangle واختصارًا: CT) هي منطقة تقريبًا مثلثة الشكل في المياه الاستوائية حول إندونيسيا، وماليزيا، وبابوا غينيا الجديدة، والفلبين، وجزر سليمان، وتيمور الشرقية. تحتوي هذه المنطقة على 500 نوع على الأقل من الشعاب المرجانية البانية للشعاب في كل منطقة إحيائية. يقع مثلث المرجان بين المحيطين الهادئ والهندي ويشمل أجزاءً من منطقتين جغرافيتين حيويتين: منطقة إندونيسيا-الفلبين، ومنطقة جنوب غرب المحيط الهادئ البعيدة. باعتباره أحد ثماني مناطق رئيسية للشعاب المرجانية في العالم، يُعترف بمثلث المرجان كمركز عالمي للتنوع البيولوجي البحري وأولوية عالمية للحفظ. موارده البيولوجية تجعله نقطة ساخنة عالمية للتنوع البيولوجي البحري. يُعرف باسم "أمازون البحار" (قياسًا على غابة الأمازون المطيرة في أمريكا الجنوبية)، ويغطي 5.7 مليون كيلومتر مربع (2,200,000 ميل2) من مياه المحيط. يحتوي على أكثر من 76% من أنواع الشعاب المرجانية البانية للشعاب في المياه الضحلة في العالم، و37% من أنواع أسماك الشعاب المرجانية، و50% من أنواع المحار السكين، وستة من أصل سبعة من أنواع سلاحف البحر في العالم، وأكبر غابة منغروف في العالم. يقع مركز هذا التنوع المرجاني في المشهد البحري لرأس الطير في بابوا الإندونيسية، والذي يحتوي على 574 نوعًا (95% من مثلث المرجان، و72% من الإجمالي العالمي). في عام 2014، أفاد البنك الآسيوي للتنمية (ADB) أن الناتج المحلي الإجمالي للنظام البيئي البحري في مثلث المرجان يبلغ حوالي 1.2 تريليون دولار أمريكي سنويًا ويوفر الغذاء لأكثر من 120 مليون شخص. وفقًا لشبكة معرفة مثلث المرجان، تجلب المنطقة سنويًا حوالي 3 مليارات دولار أمريكي من دخل النقد الأجنبي من صادرات الأسماك، و3 مليارات دولار أمريكي أخرى من عائدات السياحة الساحلية.
تعتبر الصندوق العالمي للطبيعة المنطقة أولوية قصوى للحفظ البحري، وتتصدى للتهديدات البيئية في المنطقة من خلال برنامج مثلث المرجان التابع لها، الذي أطلق في عام 2007. مركز التنوع البيولوجي في المثلث هو مضيق جزيرة فيردي في الفلبين. الشعاب المرجانية في المنطقة التي أعلنتها اليونسكو كمواقع تراث عالمي هي حديقة توباتاها الطبيعية للشعاب المرجانية في الفلبين وجيو بارك راجا أمبات العالمي لليونسكو في إندونيسيا.