متلازمة هنتر (بالإنجليزية: Hunter syndrome)هي اضطراب جينى نادر يحدث عندما يكون انزيم جسمك إما مفقود أو به خلل.
لأن الجسم ليس لديه امدادات كافية من الإنزيم الذي يكسر جزيئات معقدة معينة، وبناء الجزيئات بكميات ضارة في بعض الخلايا والأنسجة. الحشد الذي يحدث في متلازمة هنتر يؤدي في نهاية المطاف الضرر التدريجي التي يؤثر على المظهر، والنمو العقلي، ووظيفة الجهاز وقدراته المادية.
متلازمة هنتر تظهر في أطفال لا تتجاوز أعمارهم السنتين. انها دائما تحدث في الذكور.