متحف ثيرا ما قبل التاريخ (باليونانية: Μουσείο Προϊστορικής Θήρας) يقع في فيرا، على جزيرة سانتوريني في اليونان. بني على أنقاض كنيسة يبابانتي قديمة كانت قد دمرت بفعل زلزال 1956.
يضم المتحف عدداً كبيراً جداً من القطع الأثرية القديمة التي جمعت من الحفريات المختلفة في سانتوريني، كمواقع أكروتيري (في الجزء الجنوبي الغربي من الجزيرة، وتقع على شبه جزيرة) وموقع بوتاموس القريب.
أجريت أول الحفريات في سانتوريني من قبل العالم الجيولوجي الفرنسي فوك عام 1867، بعد أن عثر السكان المحليين على قطعٍ أثرية قديمة في محجر. في وقت لاحق، في الفترة 1895-1900، أجرى عالم الآثار الألماني البارون فردريش هيلير فون غارترينغين حفريات كشفت عن أنقاض ثيرا القديمة في ميسا فونو. ركز على مستوطنات القرن التاسع قبل الميلاد، معتقداً أن الموقع هو مستعمرة أسبرطة.