متحف الزراعة المصرية القديمة هو أحد أهم وأبرز متاحف المتحف الزراعي المصري. افتُتِح في 26 مارس 1996، وهو الأول من نوعه على مستوى العالم، وقد خُصص لعرض تاريخ الزراعة المصرية منذ ما قبل التاريخ وحتى أوخر العصر الفرعوني، يقع المتحف على مساحة قدرها 2427 م²، ويضم أكثر من 3200 قطعة نادرة.
يعرض المتحف كل ما يتصل بالنشاط الزراعي قديماً، والأدوات والآلات الزراعية، و يشرح كيف اهتدى إليها المصري القديم وطورها، ويعرض مقتنيات هامة مع قطع أثرية توضح أهم الصناعات الزراعية والبيئية. كما يتعرض لنهر النيل من تماثيل ولوحات لإله النيل والأحياء المائية فيه، ويشمل العرض تماثيل للآلهة المرتبطة بالزراعة، والملوك الذين اهتموا بالري والزراعة واستصلاح الأراضي.