متحف التاريخ الطبيعي هو أحد المؤسسات التي توثق الحياة البرية في السودان ويعتبر من أهم متاحف التاريخ الطبيعي ويتبع اداريآ لكيلة العلوم جامعة الخرطوم.
يعتبر المتحف واحد من اقسام كلية العلوم، يتيح المتحف للطلاب الدارسين في كلية العلوم التدريب العملي والتعرف علي العينات الحيوانية والنباتية والجيولوجية المجموعة من جميع ارجاء السودان وكذلك العينات المجموعة من قديم الزمان بالإضافة الي عينات المستحاثات وأيضا اهتمام المتحف بمسألة البحث العلمي فيما يتعلق بعلم الحيوان والنبات وعلم الجيولوجيا.