مانويل الثالث ميغاس كومنينوس ( اليونانية: Μανουήλ Μέγας Κομνηνός; 16 ديسمبر 1364 – 5 مارس 1417) كان إمبراطور طرابزون من 20 مارس 1390 حتى وفاته في عام 1417.
كان الحدث الأبرز في عهد مانويل هو وصول الفاتح تيمورلنك، القادم من آسيا الوسطى، إلى الأناضول. وقد أدى ذلك إلى تدمير الدولة العثمانية فعلياً، والتي كانت تُهدد وجود إمبراطورية طرابزون، في معركة أنقرة، ورغم أن العثمانيين أعادوا بناء دولتهم بعد عشر سنوات من الحرب الأهلية، إلا أن هذه الهزيمة أطالت عمر إمبراطورية طرابزون وحافظت على أمنها لعقود أخرى، حتي فتحها محمد الفاتح.