تشمل أسرة اللغات اليابانية اللغة اليابانية المحكية في الجزر الرئيسية في اليابان بالإضافة للغات جزر ريوكيو المتحدث بها في جزر ريوكيو. الأسرة متفق عليها علي نطاق واسع من قبل اللغويين، وقد أُحرِز تقدم كبير في إعادة بناء اللغة البدائية. تشير عملية إعادة البناء ضمنًا إلى انشقاق بين جميع لهجات اللغة اليابانية وجميع أشكال لغات جزر ريوكيو، من المحتمل قبل القرن السابع. إن لغة هاتشيجو المحكية في جزر إيزو مشمولة أيضًا لكن موقعها داخل الأسرة غير واضح. أُطلق على هذه الأسرة مسمى اللغات اليابانية من قبل ليون سيرافيم.
يعتقد معظم العلماء أن اللغات اليابانية جُلبت إلى الأرخبيل الياباني من شبه الجزيرة الكورية مع ثقافة يايوي خلال الألفية الأولى قبل الميلاد. ثمّة بعض الأدلة المجزأة التي تشير إلى أن اللغات اليابانية كانت ماتزال محكية في الأجزاء الوسطى والجنوبية من شبه الجزيرة الكورية (انظر اللغات اليابانية شبه الجزيرية) في القرون الأولى بعد الميلاد.
اقتُرِحَ وجود صلات جينية محتملة مع العديد من أسر اللغات الأخرى، أكثرها انتظامًا مع اللغات الكوريانية، لكن لم يُثبت أي منها بشكل قاطع.