لجنة زكاة القدس هي مؤسسة إسلامية فلسطينية خيرية غير ربحية مستقلة تعمل في القدس وضواحيها، تعمل تحت إشراف وزارة الأوقاف والشؤون والمقدسات الإسلامية الأردنية، وقد تم تأسيسها لجنة زكاة القدس عام 1988 ميلادي بموافقة وزارة الأوقاف والشؤون والمقدسات الإسلامية الأردنية رقم 7/3/17, ويقع مقر اللجنة الرئيس داخل المسجد الأقصى المبارك.
وكان تأسيس لجنة زكاة القدس خطوة رائدة لخدمة العمل الخيري الفلسطيني وفريضة الزكاة، وخدمة المسجد الأقصى المبارك.
يقع المكتب الرئيس في المسجد الأقصى المبارك مقابل سوق القطانين، والمكتب الفرعي في باب العامود بجانب مسجد سعد وسعيد.