انتُخب فرانسيس في 13 مارس 2013 ليكون أول عضو من مجتمع يسوع ينصَّب بابا وأول رجل غير أوروبي يتسلّم المنصب منذ القرن الثامن. وصف اسمه البابوي بأنه مشيرٌ إلى ما يريد أن يضاهيه في القديس فرانسيس الأسيسي: أن تكون الكنيسة كنيسة فقراء، للفقراء، وأن تذهب دائمًا إلى الهوامش، وتظهر اهتمامًا بالبيئة الطبيعية. أما شعاره البابوي («بالرحمة والاختيار») فيشمل موضوعًا مركزيًّا في بابويته، هو رحمة الله، وهو ما أدى إلى نزاع بينه وبين التقليديين في قضايا مثل تلقّي القربان من الكاثوليكيين المتزوجين مرة ثانية. عندما يتكلم البابا عن قضايا الحياة الواقعية يرجع عادةً مباشرة إلى أقوال يسوع، في اتساق مع مجلس الفاتيكان الثاني الذي أظهر تأكيدًا مجدَّدًا على مصادر العهد الجديد في التعليم الكاثوليكي. ركز فرانسيس أكثر على المجامع الكنسية والحوار والتشاور الواسع، ورفع أدوار الناس العلمانيين والنساء في الكنيسة الكاثوليكية وانتقاد الإكليروسية.
يظهر اهتمام فرانسيس بالفقراء في انتقاداته للرأسمالية المطلَقة، ودعمه الظاهر للاجئين والمهاجرين، واتصاله بحركات تحررية وأناركية وشيوعية ولبرالية في أمريكا اللاتينية، وقد كانت هذه الحركات مكروهة أيام البابا جون بول الثاني.
صدرت عظته الرسولية (بهجة الإنجيل) بعد 8 أشهر من انخابه، واعتبرت وثيقة برمجية أساسية لبابويته، وقال إنها «تشير إلى طرق جديدة لرحلة الكنيسة في السنين القادمة». عُرف فرانسيس أيضًا بـ«آرائه الحادّة غير المكتوبة».