الكيمياء الفراغية هي فرع من فروع الكيمياء، يهتم بدراسة الترتيبات الفراغية للذرات بالنسبة لبعضها البعض في الجزيء. وهناك قسم هام من أقسام الكيمياء الفراغية ويدرس الجزيئات اليدوية.
أو بمعنى آخر دراسة ترتيب الذرات في الأبعاد الثلاثة.
تحتوي على طرق لتحديد ووصف هذه العلاقات، وتأثيرها على الخواص الفيزيائية أو الحيوية وهذه العلاقات توضح معلومات عن الجزيء الذي يتم دراسته، والطريقة التي تؤثر بها هذه العلاقات على نشاطية الجزيئات كيمياء فراغية حركية.