مقبرة كوم الأحمر هي مقبرة أثرية تقع في منطقة نخن القديمة، المعروفة أيضًا باسم هيراكونبوليس، في صعيد مصر. وتقع المقبرة ضمن منطقة المقابر المعروفة باسم نخن، والتي كانت مخصصة بصورة رئيسية لدفن أفراد النخبة خلال فترة ما قبل الأسرات وبدايات العصر الأسري.
أُعلن عن اكتشاف المجمع الجنائزي في 21 أبريل 2005 بواسطة فريق أمريكي-مصري مشترك. ويرجع تاريخ المجمع إلى الألفية الرابعة قبل الميلاد، وتحديدًا إلى فترة نقادة، في نحو 3600 قبل الميلاد.
تقع مقبرة نخن في وادٍ صحراوي على مسافة نحو كيلومترين من حافة الأراضي الزراعية، وتختلف عن مناطق الدفن الأخرى في نخن. وقد دُفن فيها أفراد من النخبة خلال فترات مختلفة من عصر ما قبل الأسرات والعصر الأسري المبكر.