مدينة كوكوبونجي (باليابانية: 国分寺市 كوكوبونجي) هي مدينة تقع في طوكيو، اليابان.
في عام 2008، وصل التعداد السكاني للمدينة إلى 117,335 نسمة، والمساحة الإجمالية 11.48 كم مربع. تم تأسيس المدينة في الأول من نوفمبر 1964. من أهم المواقع في كوكوبونجي هو المعهد المركزي أبحاث شركة هيتاتشي.