كنيسة سان فرانثيسكو (بالإسبانية: Iglesia de San Francisco) هي كنيسة رومانيّة كاثوليكيّة تقع في مدينة كاسترو في تشيلي. تم تشييدها عام 1567 عندما كان أرخبيل تشيلوي لايزال جزءًا من ممتلكات التاج الإسباني، حيث تمثّل اندماجًا بين الثقافة اليسوعيّة الأوروبيّة ومهارات الشعوب الأصليّّة وتقاليدها، وهي مثال على ثقافة المستيزو.
تُعتبر كنيسة سان فرانثيسكو واحدة من أقدم الكنائس التقليديّة في تشيلوي، والتي بقيت سليمة تقريبًا من عصر البعثة اليسوعيّة.