كنيسة سان سيباستيان (بالإسبانية: Iglesia de San Sebastián) هو مسجد أندلسي تم تحويله إلى كنيسة بعد سقوط غرناطة (آخر مدن الأندلس) تقع في ميدان أنايا في مدينة سلامنكا في إسبانيا، إلى جانب قصر أنايا، الذي شيده دييجو دي أنايا إيه مالدونادو تحت اسم كلية سان بارتولوميه في بادئ الأمر.
في 6 أكتوبر عام 2011، تم إعلان كل من مجمع كلية أنايا وأوسبيديريا وكنيسة سان سيباستيان معلمًا تراثيًا ذا أهمية ثقافية من فئة النصب التذكارية الأثرية.