كنيسة القديس يوحنا المعمدان هي كنيسة كاثوليكية في عين كارم بالقدس تابعة للرهبنة الفرنسيسكانية. تم بناؤها في الموقع الذي يُعتقد أن القديس يوحنا المعمدان قد وُلد فيه.
في 1941-1942 حفر الفرنسيسكان المنطقة الواقعة غرب الكنيسة والدير. اكتشفوا هناك قبوراً وغرفاً منحوتة في الصخور ومعاصراً للنبيذ وكنائس صغيرة مزينة بالبلاط الفسيفسائي. احتوت الغرفة الجنوبية الصخرية المقطوعة على الخزف المؤرخة بفترة تمتد من القرن الأول قبل الميلاد تقريبًا حتى 70 بعد الميلاد، وهي فترة تشمل العمر المفترض لزكريا وأليصابات ويوحنا. تم تأريخ المجتمع الذي يعيش هنا من خلال الاكتشافات الأثرية التي تعود إلى الفترات الرومانية والبيزنطية والإسلامية المبكرة.
ربما يعود تاريخ معظم هيكل الكنيسة الحالي إلى القرن الحادي عشر، ومن المحتمل أن تعود الدورات الدنيا إلى الفترة البيزنطية (القرنين الرابع والسابع).