كنيسة القديس توما هي كنيسة تابعة لـالكنيسة السريانية الكاثوليكية تقع داخل أسوار البلدة القديمة في القدس، وتحديدًا في حارة الأرمن بالقرب من كاتدرائية القديس يعقوب للأرمن. وتُعد من الكنائس التابعة لـالسريانية الكاثوليكية البطريركية في القدس، وتحمل اسم توما الرسول أحد رسل يسوع الاثني عشر.
تُعتبر الكنيسة من المعالم المسيحية الشرقية في القدس، وتعكس الوجود التاريخي للطائفة السريانية الكاثوليكية في المدينة، خاصة في منطقة البلدة القديمة التي تضم عددًا من الكنائس والأديرة التاريخية التابعة للطوائف المسيحية المختلفة.