تأسست بعثة أفريقيا الداخلية في كينيا عام 1885، ثم انتقلت لاحقاً إلى جمهورية الكونغو الديمقراطية. وبدأت البعثة عملها في السودان عام 1949.
وبتفاهم مشترك مع الكنيسة الأنجليكانية في السودان، وافقت الكنيسة على تولّي مسؤولية إقليم شرق الاستوائية بالكامل. وتركّز نمو الكنائس السريع في الضفة الغربية لنهر النيل.
رُسِّم أول قس سوداني عام 1956، وفي عام 1972 نالت الطائفة استقلالها الكامل. يقع مقر الكنيسة في جنوب السودان، ولها حضور أيضاً في السودان. ويبلغ عدد أعضائها 125 ألف عضو موزعين على 340 جماعة.
وهي عضو في الاتحاد العالمي للكنائس الإصلاحية.