كنيس القرائيين هو كنيس يهودي تاريخي يقع في البلدة القديمة من القدس في فلسطين، ويرتبط بالطائفة اليهودية القرائية التي تُعد إحدى الجماعات الدينية اليهودية التي تعتمد على النصوص التوراتية المكتوبة وترفض التقاليد الشفوية للتلمود.
ويُعتبر الكنيس من أبرز المعالم الدينية الخاصة باليهود القرائين في القدس، كما يمثل جزءًا من التاريخ الديني المتنوع للمدينة القديمة، التي احتضنت عبر قرون طويلة جماعات دينية وطائفية متعددة.