كليوباترا الثانية (باليونانية: Κλεοπάτρα Φιλομήτωρ Σώτειρα)؛ حوالي 185 قبل الميلاد – 116/115 قبل الميلاد) هي زوجة بطليموس السادس وملكة مصر البطلمية من عام 175 إلى 170 قبل الميلاد، ثم كانت حاكمة البلاد منذ عام 170 قبل الميلاد بالتشارك مع أخويها المتعاقبين وابنتها وحفيدها.
هي ابنة بطليموس الخامس وربما كليوباترا الأولى. إذا كانت ابنة كليوباترا الأولى، فهي أخت شقيقة لبطليموس السادس وبطليموس الثامن؛ وإلا فهي أختهم غير الشقيقة. وقد تزوجت أخيها الأكبر وثم أخيها الذي تبعه في الحكم.