كروماتين مغاير أو كروماتين غير متمائل هو حمض نووي موثق بشكل محكم وله أنواع مختلفة. منها كروماتين متغاير تأسيسي و كروماتين متغاير اختياري.
كلا منها يلعب دور في التعبير الجيني، حيث كروماتين متغاير أساسي يؤثر على الجينات القريبة منه بينما كروماتين متغاير اختياري ينتج عن آلية تثبيط الجينات ميثيل هستون أو siRNAمن RNAi
في كروماتين متغايرالأساسي عادة الشكل الوظيفي للهيكل والتكراري مثل السنتروميرز أو التيلوميرز بالإضافة إلى الشكل الجذاب للتعبير الجيني أو قمع الإشارات وعلى العكس كروماتين متغاير اختياري غير تكراري وعلى الرغم من إسهامه في دمج هيكل كروماتين متغاير تأسيسي فإنه يسبب إشارات وفقد مكثف في الهيكل وتنشط الترنسكربيتوم، الكروماتين المغايرغالبا ماترتبط مع ثنائي ميثيل وثلاثي ميثيل من H3K9