كرة القدم في مالطا يشرف عليها اتحاد مالطا لكرة القدم، وتُعد الرياضة الأكثر انتشارًا وشعبية في البلاد. دخلت هذه الرياضة إلى مالطا خلال فترة الحكم البريطاني في منتصف القرن التاسع عشر. وفي ذلك الوقت كانت كرة القدم ما تزال حديثة العهد في إنجلترا، حيث استُخدمت كوسيلة لتسلية الجنود البريطانيين المتمركزين في مالطا داخل الثكنات العسكرية المنتشرة في أنحاء الجزيرة. وفي عام 1863 أُنشئت جمعية لكرة القدم التي وضعت القوانين واللوائح المنظمة لهذه اللعبة، والتي ظلّت تُمارَس على مستوى الهواة وبصورة غير منتظمة حتى عام 1909، حين جرى اعتماد نظام الدوري رسميًا.
يتولى الاتحاد إدارة المنتخب الوطني للرجال والمنتخب الوطني للسيدات، كما يشرف على الدوري المالطي الممتاز ذي الطابع شبه الاحترافي، إضافةً إلى الدوري المالطي للسيدات، ومختلف بطولات وكؤوس الأندية المحلية المرتبطة بها.