كتائب شهداء الأقصى مجموعات عسكرية فلسطينية تابعة لحركة فتح، تشكلت على شكل مجموعة عسكرية صغيرة على يد رائد الكرمي، وكان هدفها الثأر من الاحتلال الإسرائيلي على ما يحصل في المسجد الأقصى، بالإضافة للثأر لدم السياسي ثابت ثابت أمين سر حركة فتح في طولكرم والذي يعد واضع الإطار العام لها قبل اغتياله بوقتٍ قصير، وقد كان الفصيل العسكري المُسمى كتائب الشهيد الدكتور ثابت ثابت النواة الأولى لكتائب شهداء الأقصى.
على الرغم من عدم كونها مجموعات إسلامية سياسية وعلى الرغم من تخليها عن العمل المسلح سابقًا، لاتزال مدرجة منذ العام 2005م في قائمة المنظمات التي تعتبرها كل من إسرائيل والولايات المتحدة وكندا، والاتحاد الأوروبي، ونيوزيلندا، واليابان إرهابية.
نفذت كتائب شهداء الأقصى هجمات مسلحة مختلفة على أهداف عسكرية ومدنية إسرائيلية منذ عام 2000م. هم يشاركون الآن في صد حرب الإبادة الإسرائيلية على قطاع غزة إلى جانب كتائب القسام والفصائل الفلسطينية الأخرى.
وقد قام بعد قادتها بالمشاركة في تعذيب واستهداف مقاتلين القسام مما أدى الى اعدامهم مثل سميح المدهون