كأس ولي عهد قطر 2006 هي النسخة الثانية عشرة من كأس ولي العهد القطري، وهي بطولة أُقيمت بين أصحاب المراكز الأربعة الأولى في ترتيب الدوري القطري.
أُقيمت البطولة خلال شهر أبريل 2006 بمشاركة أربعة أندية بدءًا من الدور نصف النهائي بنظام الذهاب والإياب.
تأهل السد إلى النهائي بعد تفوقه على نادي الريان بمجموع المباراتين 3–2، بينما بلغ نادي قطر النهائي بعد تجاوزه العربي بنتيجة إجمالية 5–4.
تُوِّج السد بلقب البطولة للمرة الرابعة في تاريخه بعد فوزه على نادي قطر بنتيجة 2–1 في المباراة النهائية يوم 22 أبريل 2006.