كأس رئيس دولة الإمارات 2012–13 هي النسخة السابعة والثلاثون من البطولة، وهي البطولة الأبرز بنظام خروج المغلوب لأندية كرة القدم في الإمارات العربية المتحدة. ويحمل اللقب فريق الجزيرة، بعد فوزه باللقب للمرة الثانية في الموسم الماضي. ويتأهل الفائز إلى دور المجموعات في دوري أبطال آسيا 2014.
بعد أن لاقى تغيير نظام البطولة في الموسم الماضي انتقادات لعدم إشراكه عددًا كافيًا من فرق الدرجات الأدنى، عاد النظام الآن إلى النظام السابق. شاركت 14 فريقًا من مجموعتي "الأولى" و"الثانية" في دوري الدرجة الأولى الإماراتي في دور المجموعات، حيث ضمت كل مجموعة مجموعتين من أربعة فرق، ومجموعتين من ثلاثة فرق، وتأهل متصدرو المجموعات إلى الأدوار الإقصائية. ينضم الفائزان في الأدوار الإقصائية إلى فرق الدوري المحترف الـ14 في دور الـ16.