كأس العرش 1999–2000 هي النسخة الثالثة والأربعون من كأس العرش، بطولة الكأس الأبرز للأندية في المغرب.
وكان الجيش الملكي حامل اللقب بعد فوزه بلقب نسخة 1998–99.
تُوِّج نادي الاتحاد القاسمي بلقب البطولة للمرة الأولى والوحيدة في تاريخه بعد فوزه على نادي النهضة السطاتية بركلات الترجيح 8–7 عقب التعادل 1–1 في المباراة النهائية التي أُقيمت يوم 2 نوفمبر 2002 على المركب الرياضي الأمير مولاي عبد الله في الرباط.