كأس الاتحاد الأوروبي 2008–09 هي النسخة رقم 38 من بطولة كأس الاتحاد الأوروبي التي ينظمها الاتحاد الأوروبي لكرة القدم. لُعبت المباراة النهائية على ملعب شكري سراج أوغلو في إسطنبول في 20 مايو 2009. كان هذا هو الموسم هو الأخير الذي يستخدم اسم كأس الاتحاد الأوروبي للبطولة؛ حيث ابتداءً من عام 2009، أصبح اسم البطولة الدوري الأوروبي.
فاز النادي الأوكراني شاختار دونيتسك على فيردر بريمن الألماني 2-1 بعد وقت إضافي، ليحقق النادي أول لقب أوروبي له. نادي زينيت سانت بطرسبرغ كان حامل اللقب لكن تعرضوا للإقصاء أمام أودينيزي في دور الـ 16.