كأس الاتحاد الآسيوي 2009 هو النسخة السادسة من كأس الاتحاد الآسيوي وتتنافس فيه أندية المستوى الثاني للإتحادات الأعضاء في الاتحاد الآسيوي لكرة القدم.
الفرق المتأهلة للبطولة في هذه النسخة تم تعيينها وفق نظام جديد مع قيام الاتحاد الآسيوي لكرة القدم بتغيير شكل دوري أبطال آسيا والتغييرات الكبيرة في الطريقة التي تدار بها المنافسة.