كأس الأردن لكرة القدم 2006–07 هي النسخة السابعة والعشرون من كأس الأردن منذ انطلاقه في عام 1980. بدأ في 5 سبتمبر 2006 وانتهى في 14 يونيو 2007. شباب الأردن، الفائز بالكأس حصل على مقعد له في كأس الاتحاد الآسيوي 2008.
فاز شباب الأردن بلقبه الثاني على التوالي، والثاني في تاريخه، بعد فوزه 2–0 على الفيصلي في المباراة النهائية يوم 14 يونيو 2007.