قناة جونقلي قناة ري لنقل بعض من مياه بحر الجبل شمالا لري الأراضي الزراعية في مصر والسودان، بدأ شقها ولكن لم يكتمل المشروع وتوقف. أول من اقترح فكرة القناة هو السير ويليام جارستين في عام 1907 لتطوير الري في حوض النيل. درست الحكومة المصرية فكرة المشروع عام 1946. وضعت خطط حفر القناة في 1954 إلى 1959. بدأ العمل في حفرها في عام 1978، توقفت أعمال الحفر نهائيًا في عام 1984 بسبب الحرب الأهلية السودانية الثانية.
أضاف النزاع على قناة جونقلي والوصول إلى مياه النيل بعدا بيئيا مهما للحرب الأهلية السودانية الثانية بعد عام 1983.