قبة الفداوية أنشأها الأمير يشبك من مهدى خلال الفترة 884-886 هجرية (1479-1481) ميلادية، أحد أمراء المماليك الجراكسة، وكان في الأصل أحد مماليك الظاهر أبو سعيد جقمق، وتقلب في عهده في عدة وظائف، وعين كاشفا للصعيد في عهد الظاهر خوشقدم، وفي أيام السلطان قايتباى وصل إلى أرقى المناصب فعين دويدارا وأسندت إليه أيضا الوزارة والاستادارية (نظام الخاصة الملكية)
وصار صاحب الأمر والنهى في الدولة، وكان يشبك محبا للعلوم والفنون شغوفا بالعمارة والتنظيم، فعمل على إصلاح الطرق وتوسيعها وتجميل الوجهات المطلة عليها، وقد كانت المنطقة الواقعة شمال حى الحسينية الآن مشتملة على كثير من المقابر والدور، فأمر بهدمها وأقام بهذه المنطقة منشآت عديدة لم يبق منها سوى القبة التي نتكلم عنها الآن، وقد أنشأها سنة 884 هجرية، وتوفى الأمير يشبك سنة 885 هجرية (1480)م،
ولما تكمل بعض أعمال بداخلها، إذ يقول ابن إياس إن الملك الأشرف قايتباى زارها في سنة 886 هجرية (1481) م وأمر الأمير تغرى بردى بأن يكمل عمارتها.