أبعاد خفية في قالب قراءة مفتوح

إطار القراءة المفتوح أو قالب القراءة المفتوح (بالإنجليزية: open reading frame) هو جزء من إطار قراءة يملك قابلية أن يُترجم إلى ناتج جيني (بروتين أو رنا غير مشفر وظيفي)، وهو مفهوم في علم الأحياء الحاسوبي يُعرَّف على أنه امتداد مستمر من الكودونات (الرامزات) يبدأ بكودون بداية (عادة AUG) وينتهي بكودون توقف (عادة UAA أو UAG أو UGA) ويُستخدم كوسيلة للتنبؤ الأولي بالجينات. جاءت كلمة مفتوح من ترجمة كلمة Open في العبارة "open for translation" أي له قابلية للترجمة وهي إشارة إلى احتمال وجود جين مشفر للبروتين.



يوجد اختلاف في بنية الجين بين بدائيات وحقيقيات النوى، فجينات حقيقيات النوى تحتوي على عدة إكسونات وتتم إزالة الإنترونات أثناء التوصيل للحصول على رنا رسول ناضج. وفي سياق البحث عن الجينات، لا ينطبق تعريف إطار القراءة المفتوح المحدد بكودونات البداية والنهاية سوى على جينات بدائيات النوى البسيطة أو جزيئات الرنا الرسول الناضجة وليس على الدنا الجينومي لحقيقيات النوى، لأن الإنترونات قد تحتوي على كودونات توقف أو تسبب انزياحات بين إطارات القراءة، لذلك ينص تعريف حديث شامل على أن إطار القراءة المفتوح هو تسلسل نوكليوتيدات قابل للقسمة على ثلاثة يحده كودونا توقف. وهذا التعريف الشامل مفيد في سياق النسخوميات والميتاجينوميات، حيث قد لا يتواجد كودون توقف و/أو كودون بداية في التسلسل المتحصل عليه، ومثل إطار القراءة المفتوح ذلك يمكن أن يعود إلى أجزاء من جين بدل الجين بأكمله.

يحد إطارات القراءة المفتوحة من الجانبين مناطق غير مشفرة هي: المنطقة 5' غير المترجمة والمنطقة 3' غير المترجمة، وهي مناطق من الجين تُنسخ في الرنا الرسول أثناء النسخ لكنها لا تُترجم إلى تسلسل أحماض أمينية أثناء الترجمة. وتحتوي هذه المناطق على عناصر تنظيمية مهمة لترجمة الجين مثل المحفزات والمحسنات والكاتمات.

غالبا ما تحتوي جزيئات الرنا الرسول البكتيري على عدة إطارات قراءة في نسخة واحدة، وفي مثل هذه الحالة يسمى ذلك الجين بالمشغل ويسمى الرنا الرسول الخاص به عديد السيسترون.



قراءة المقال الكامل على ويكيبيديا ←