تأسست الخطوط الجوية النيجيرية في 23 أغسطس 1958. وقد خلفت شركة خطوط غرب أفريقيا الجوية (WAAC) السابقة،كان اسمها في البداية خطوط غرب أفريقيا الجوية النيجيرية استحوذت الشركة على أصول والتزامات خطوط غرب أفريقيا الجوية وبدأت عملياتها في 1 أكتوبر 1958. بالتعاون مع خطوط بان أمريكان العالمية (PAA)، افتتح خط لاغوس–نيويورك في أكتوبر 1964 باستخدام طائرات دوغلاس دي سي-8 وبوينغ 707 تابعة لخطوط بان أمريكان العالمية.
غيرت خطوط غرب أفريقيا الجوية النيجيرية اسمها إلى الخطوط الجوية النيجيرية في عام 1971. وكانت شركة النقل مملوكة بالكامل لحكومة نيجيريا طوال وجودها تقريبًا. توقفت شركة الطيران عن العمل في عام 2003.