نشأت العديد من سلاسل المانغا المقتبسة من مسلسل الأنمي نيون جينيسيس إيفانجيليون من إنتاج غايناكس. في حين كانت المانغا الأولى تعديلاً مباشراً للأنمي، كانت المانغا اللاحقة ذات قصص جانبية مع اختلافات عديدة.
المانغا الأولى عن المسلسل معنونة ببساطة نيون جينيسيس إيڤانجيليون، من تأليف ورسم يوشيوكي ساداموتو، الذي عمل في مجال تصميم الشخصيات في المسلسل. تتابع المانغا بشكل قريب قصة المسلسل مع تغييرات طفيفة للشخصيات أو أحداث معينة. سُلسلت المانغا في شونين إيس من كادوكاوا شوتين وبدأت في 1995، ولكنها وقعت في فجوة حتى يوليو 2009 عندما استؤنفت في الإصدار الأول من يونغ إيس اختُتمت المانغا بفصلها الـ95 في يونيو 2013.
بالإضافة، ألفت فُمينو هاياشي المانغا الجانبية باسم نيون جينيسيس إيڤانجيليون: صديقة الفولاذ 2nd، التي تركز على العلاقات الرومانسية بين الشخصيات الرئيسية. قامت كادوكاوا شوتين بسلسلة المانغا في أسكا الشهرية وجمعت السلسلة في 6 مجلدات تانكوبون. نشرت المجلدات من 17 فبراير 2004 إلى 17 ديسمبر 2005. سلسلة أخرى ذات اتجاه مشابه هي نيون جينيسيس إيڤانجيليون: مشروع تدريب شينجي إيكاري، من تأليف أوسامو تاكاهاشي. بدأت شونين إيس بنشر الفصول منذ يونيو 2005، ولا تزال مستمرة مع 14 تانكوبون تم إصدارها.
ألف مين مين أيضاً نيون جينيسيس إيڤانجيليون: گاكوين داتينروكو، التي تستخدم الخطة نفسها من سلسلة المانغا، لكن مع اختلاف كبير بين الإيڤانجيليون والشخصيات الرئيسية. نُشرت المانغا في أسكا الشهرية من أكتوبر 2007 إلى ديسمبر 2009، وجُمعت في 4 مجلدات تانكوبون.
مانغا أخرى باسم إيڤانجيليون: إيكاري شينجي تانتيه نيكّي (حرف. "إيفانجيليون: دورية شينجي إيكاري التحقيقية") بدأت السلسلة في إصدار أسكا في 24 فبراير 2010 من تأليف تاكُمي يوشيمُرا بالتعاون مع غايناكس وكارا. كما يشير العنوان، فهذه المانغا تعيد تصوير شينجي كمحقق.