هي المستشفيات التعليمية الجامعية التابعة إما لوزارة التعليم العالي أو الأزهر الشريف أو الجامعات الخاصة أو المؤسسات العسكرية في مصر. بلغ عددها 125 مستشفى، وتنقسم إلى قسمين، 73 مستشفى يقدم خدمات طبية متعددة التخصصات، و52 مستشفى متخصصًا في الأورام، وعلاج الإدمان الصحة النفسية، وصحة المرأة، وطب المسنين، والسموم الإكلينيكية، والطوارئ، والجهاز الهضمي والكبد، والأطفال، وطب وجراحة العيون، وأمراض الكلى وجراحة المسالك البولية، وجراحات اليوم الواحد، والنساء والتوليد، وجراحة القلب والصدر والأوعية الدموية، وتضم هذه المستشفيات 30% من إجمالي أسرة الرعاية الصحية في المنشآت الحكومية، و50% من إجمالي أسرة العناية المركزة في القطاع الحكومي.