امتصت اللغة الإندونيسية العديد من الألفاظ الدخيلة من لغات أخرى، منها اللغة السنسكريتية، واللغة التملية، واللغة الصينية، واللغة اليابانية، واللغة العربية، واللغة العبرية، واللغة الفارسية، واللغة البرتغالية، واللغة الهولندية، واللغة الإنجليزية، واللغة الفرنسية، واللغة اليونانية، واللغة اللاتينية، بالإضافة إلى لغات أسترونيزية أخرى.
تختلف الإندونيسية عن شكل اللغة الملايوية المستخدم في بروناي وماليزيا وسنغافورة في عدد من الجوانب، ويرجع ذلك أساسًا إلى التأثيرات المختلفة التي تعرضت لها اللغتان، وأيضًا إلى حقيقة أن غالبية الإندونيسيين يتحدثون لغة أخرى كلغة أم. وتعمل الإندونيسية كلغة مشتركة للمتحدثين بـ 700 لغة متنوعة عبر الأرخبيل.
على العكس من ذلك، استعارت الإنجليزية العديد من الكلمات ذات الأصول الملايوية-الإندونيسية. والكلمات المستعارة في الإنجليزية (مثل: bamboo "خيزران"، orangutan "إنسان الغاب"، dugong "الأطوم"، amok "الآموك"، وحتى "cooties") دخلت عمومًا عبر اللغة الملايوية عن طريق الاستعمار البريطاني في ماليزيا وسنغافورة، على غرار الطريقة التي استعار بها الهولنديون كلمات من مختلف اللغات الإندونيسية الأصلية. ومن الاستثناءات كلمة "bantam" المشتقة من اسم المقاطعة الإندونيسية بنتن في جاوة الغربية (انظر قاموس أكسفورد الأمريكي، طبعة 2005). وكلمة أخرى هي "lahar" وهي كلمة جاوية تعني التدفق الطيني البركاني. وهناك كلمات أخرى دخلت الإنجليزية الحديثة من الملايوية/الإندونيسية ولكن قد تكون لها أصول أخرى (مثل: "satay" من التملية، أو "ketchup" من الصينية).
خلال تطورها، وجدت مصطلحات أصلية متنوعة من جميع أنحاء الأرخبيل طريقها إلى اللغة. وأدى التكيف الهولندي مع اللغة الملايوية خلال الفترة الاستعمارية إلى إدراج عدد كبير من الكلمات والمفردات الهولندية. وقد أثر هذا الحدث بشكل كبير على اللغة الملايوية الأصلية، التي تطورت تدريجيًا إلى الإندونيسية الحديثة. ومعظم هذه المصطلحات موثقة في "قاموس إندونيسيا الكبير".