تضم هذه القائمة أنواع الثدييات البرية المستوطنة التي سُجلت في مدغشقر. فبحلول يونيو 2014 (عقب إعادة تقييم الليموريات من قبل الاتحاد الدولي لحفظ الطبيعة)، اعْتُمِد 241 نوعاً حياً من الثدييات في مدغشقر، صُنفت 22 منها ضمن الأنواع المهددة بالانقراض بشدة، و62 مهددة بالانقراض، و32 عرضة للانقراض، و9 قريبة من التهديد، و72 غير مهددة، بينما لا تتوفر بيانات كافية عن 44 نوعاً أو لم يجرِ تقييمها بعد. وتجدر الإشارة إلى أن جميع الأنواع المهددة بالانقراض بشدة هي من فصيلة الليمور.
تتميز مجموعة الثدييات في مدغشقر بفرادة عالية وهي في الغالب مستوطنة في الجزيرة. وتضم الأصناف الباقية (غير البحرية وغير الخفاشية) -حتى يونيو 2014- 168 نوعاً، و40 جنساً، و9 فصائل. وباستثناء نوع من الزبابات يُرجح أنه أُدخل إلى الجزيرة، فإن جميع الأنواع والأجناس والفصائل (باستثناء واحدة) تُعد مستوطنة في مدغشقر. ويُعتقد أن هذه الثدييات البرية المستوطنة، والتي تشمل الليموريات، والمداليات، وقوارض النيسوميان، واللواحم المدغشقرية، قد استعمرت الجزيرة قادمة من أفريقيا عبر أربع (أو خمس، في حال وصول حيوان الآي آي بشكل منفصل) عمليات انتقال عبر المحيط (على أطواف طبيعية). أما المجموعة البرية أو شبه البرية التاريخية الأخرى، وهي فرس النهر المنقرض، فيُعتقد أنها استعمرت الجزيرة عدة مرات، وربما كان ذلك عن طريق السباحة.
في بدايات عصر الهولوسين، كانت مدغشقر موطناً لعدد من الثدييات ضمن الحيوانات الضخمة؛ مثل الليموريات العملاقة كجنس إندري قديم (بالإنجليزية: Archaeoindris) الذي تجاوز وزنه 200 كجم، وهو ما يضاهي كتلة أضخم غوريلا، بالإضافة إلى فرس النهر. كما كانت الجزيرة مأوى لطيور الفيل غير القادرة على الطيران والتي وصل وزنها إلى 700 كجم، وهي أضخم الطيور المعروفة عبر التاريخ. وقد تعرضت كل هذه الأنواع للانقراض عقب ظهور البشر لأول مرة منذ نحو 2000 عام. اليوم، أضخم الثدييات المستوطنة الباقية في الجزيرة، مثل الإندري والفوسا، لا تقترب أوزانها إلا من 10 كجم. ويُعتقد أن معظم الأنواع الـ 29 المدرجة ضمن فئة المنقرضة قد هلكت في عصور ما قبل التاريخ، ولم يُعرف عن أي منها البقاء إلى ما بعد فترة الاتصال الأوروبي.
تُستخدم الوسوم التالية لتوضيح حالة الحفظ لكل نوع وفقاً لتقييم الاتحاد الدولي لحفظ الطبيعة؛ تُستخدم الرموز الموجودة في الجهة اليمنى هنا، بينما تظهر الرموز في العمود الثاني في بعض المقالات الأخرى: