تضم القائمة التالية المناطق البيئية في إندونيسيا. يُعرّف الصندوق العالمي للطبيعة المنطقة البيئية بأنها "مساحة شاسعة من الأرض أو الماء تضم مجموعة متميزة جغرافياً من المجتمعات الطبيعية". وتنقسم هذه المناطق إلى برية، ومياه عذبة، وبحرية، وتُصنّف ضمن حيومات أو أنواع الموائل الرئيسية.
تقع إندونيسيا ضمن نطاقين من النطاقات البيئية الكبرى للأرض، وهي تقسيمات واسعة لسطح الأرض تعتمد على أنماط التوزيع التاريخي والتطوري للنباتات والحيوانات. تنقسم هذه النطاقات إلى مناطق حيوية (وتنقسم النطاقات البحرية إلى أقاليم)، وتتكون كل منها من مناطق بيئية متعددة. يمتد الإقليم الهندوملاوي عبر النصف الغربي من الأرخبيل، بينما يقع النصف الشرقي ضمن الإقليم الأسترالازي، ويُعد خط والاس، الذي يمر بين بورنيو وسولاوسي، وبالي ولومبوك، هو الخط الفاصل بينهما.
يُعرف الجزء الواقع غرب خط والاس من إندونيسيا باسم منطقة صندلندة الحيوية، والتي تضم أيضاً ماليزيا وبروناي. وعندما انخفضت مستويات سطح البحر خلال العصور الجليدية، انكشف جرف سوندا الضحل، مما ربط جزر صندلاندة بالقارة الآسيوية؛ ولهذا السبب تضم صندلاندة العديد من الثدييات الكبيرة ذات الأصل الآسيوي، مثل الكركدنيات، والفيلة الآسيوية، والقردة العليا.
أما شرق خط والاس، فتقع منطقة والاسيا الحيوية، وهي مكونة من جزر لم ترتبط قط بأي قارة، بل نشأت نتيجة التحرك الشمالي للقارة الأسترالية. تُعد والاسيا منطقة انتقالية بين آسيا وأستراليا؛ حيث تنتمي نباتاتها في الغالب إلى أصل هندوملاوي مع عناصر أسترالازية، بينما تنتمي الزواحف والطيور فيها أساساً إلى أصل أسترالي، وتفتقر المنطقة إلى الثدييات الكبيرة.
ترتبط جزر آرو والجزء الإندونيسي من غينيا الجديدة عبر جرف ساهول الضحل بالقارة الأسترالية، وكانتا متصلتين براً خلال العصور الجليدية. وتتميز غينيا الجديدة بنباتات ذات أصل آسيوي غالباً مع العديد من العناصر الأسترالازية، وتضم حياة حيوانية مشابهة لتلك الموجودة في أستراليا.