تتألف الكنيسة الكاثوليكية في السودان وجنوب السودان من
بتسلسل هرمي لاتيني واحد، متحد في مؤتمر اسقيفي، يُسمى مؤتمر أساقفة السودان الكاثوليك ، ويتألف من مقاطعة كنسية تحت إشراف أبرشية متروبوليتان لكل بلد، مع وجود مجموعه 7 أبرشيات تابعة له.
ثلاث ولايات قضائية كاثوليكية شرقية عابرة للحدود، تغطي كل منها كلا البلدين (الولاية الملكية تقع بشكل رئيسي في مصر).
كما توجد سفارة بابوية في السودان (وهي تمثيل دبلوماسي بابوي، على مستوى السفارة) في العاصمة الوطنية الخرطوم (والتي تتبع لها أيضاً السفارة البابوية في إريتريا ). وسفارة بابوية إلى جنوب السودان، ولكن هذا المنصب الأخير موكل إلى السفارة البابوية في كينيا (في نيروبي ).