هذه قائمة بالأنواع التي انقرضت في مدغشقر وجزر المحيط الهندي خلال العصر الهولوسيني، وتغطي حالات الانقراض منذ العصر الهولوسيني، وهو عصر جيولوجي بدأ قبل حوالي 11650 عامًا (حوالي 9700 قبل الميلاد ) ويستمر حتى يومنا هذا.
مدغشقر دولة جزرية كبيرة في المحيط الهندي، قبالة سواحل شرق أفريقيا. ومن بين جزر المحيط الهندي الأخرى القريبة من مدغشقر جزر مسكارين (المقسمة بين جمهورية موريشيوس ومقاطعة ريونيون الفرنسية)، وجمهورية سيشل، وجزر القمر (المقسمة بين اتحاد جزر القمر ومقاطعة مايوت الفرنسية).
تُعدّ مدغشقر وجزر المحيط الهندي بؤرةً للتنوع البيولوجي. فقد تطورت الحياة البرية في مدغشقر بمعزل عن غيرها، وهي تختلف عن الحياة البرية في أفريقيا والقارات الأخرى. ويمكن القول: أن ما يقارب 90% من جميع أنواع النباتات والحيوانات الموجودة في مدغشقر متوطنة. وتُعدّ الليمورات من الحيوانات المتوطنة في جزيرة مدغشقر.
وقداختفت أنواع حيوانية عديدة من مدغشقر وجزر المحيط الهندي ضمن موجة الانقراض المستمرة في العصر الهولوسيني، والناجمة عن النشاط البشري. طائر الدودو الشهير ( Raphus cucullatus )، الذي شوهد آخر مرة عام 1662م، كان متوطنًا في موريشيوس. وكانت جميع أنواع الليمور المنقرضة السبعة عشر من الليمورات العملاقة، أكبر حجمًا من الليمورات الموجودة حاليًا.
وتُعدّ البقايا الأحفورية لبعض رتب الطيور نادرة في جزيرة ريونيون. ونتيجةً لذلك، فإنّ بعض الطيور المنقرضة من ريونيون تُعتبر أنواعًا افتراضية. من شبه المؤكد أنها كانت موجودة، ولكنّها تفتقر إلى البقايا الأحفورية الداعمة.
تم إدراج الأنواع المحلية المنقرضة في القائمة أدناه، ولكن لم يتم إدراج الأنواع التي أدخلها الإنسان والتي تم القضاء عليها لاحقًا.