يوجد عدة أنواع من جنس الأمعائية:
أمعائية مرياحة (الاسم العلمي: Enterobacter aerogenes)
أمعائية نهرية (الاسم العلمي: Enterobacter amnigenus)
أمعائية أسبورية (الاسم العلمي: Enterobacter asburiae)
أمعائية مسرطنة (الاسم العلمي: Enterobacter cancerogenus)
أمعائية مذرقية (الاسم العلمي: Enterobacter cloacae)
أمعائية كوانية (الاسم العلمي: Enterobacter cowanii)
أمعائية غريغوفية (الاسم العلمي: Enterobacter gergoviae)
أمعائية سويسرية (الاسم العلمي: Enterobacter helveticus)
أمعائية هورماشية (الاسم العلمي: Enterobacter hormaechei)
أمعائية كوبية (الاسم العلمي: Enterobacter kobei)
أمعائية لدويجية (الاسم العلمي: Enterobacter ludwigii)
أمعائية ضغطية (الاسم العلمي: Enterobacter nimipressuralis)
أمعائية غبارية (الاسم العلمي: Enterobacter pulveris)
أمعائية إجاصية (الاسم العلمي: Enterobacter pyrinus)
أمعائية مجذرة (الاسم العلمي: Enterobacter radicincitans)
أمعائية زوريخية (الاسم العلمي: Enterobacter turicensis)