يشير مصطلح فيروس منقول بالخفاشيات إلى مجموعة من الفيروسات تكون مرتبطة بالخفافيش. تستضيف الخفافيش مجموعة متنوعة من الفيروسات بما في ذلك جميع الأنواع السبعة الموصوفة في نظام تصنيف بالتيمور: (I) فيروسات الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين مزدوجة الجديلة؛ (II) فيروسات الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين وحيدة الجديلة؛ III)) فيروسات الحمض النووي الريبوزي مزدوجة الجديلة؛ (IV) فيروسات الحمض النووي الريبوزي أحادية الجديلة إيجابية الاتجاه؛V) ) فيروسات الحمض النووي الريبوزي أحادية الجديلة سلبية الاتجاه؛ (VI) فيروسات الحمض النووي الريبي أحادية الشريطة موجبة الاتجاه التي تتكاثر من خلال وسيط من الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين؛ (VII) فيروسات الحمض النووي مزدوجة الجديلة التي تتكاثر من خلال وسيط من الحمض النووي الريبوزي أحادي الجديلة. الحصة الأكبر من الفيروسات المرتبطة بالخفافيش التي تم تحديدها اعتبارًا من عام 2020 هي من النوع الرابع، في عائلة الفيروسات التاجية.
تأوي الخفافيش على فيروسات عديدة حيوانية المنشأ أو قادرة على إصابة البشر، وتعتبر بعض الفيروسات التي تنقلها الخفافيش فيروسات ناشئة مهمة. تشمل هذه الفيروسات الحيوانية المنشأ فيروس داء الكلب، وفيروس كورونا المرتبط بالملازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 1، وفيروس كورونا المرتبط بمتلازمة الشرق الأوسط التنفسية، وفيروس ماربورغ، وفيروس نيباه وفيروس هندرا. في حين تشير الأبحاث بوضوح إلى أن فيروس كورونا المرتبط بالملازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 2 قد نشأ في الخفافيش، فمن غير المعروف كيفية انتقاله إلى البشر وما إذا كان هناك مضيف وسيط، ربما يكون آكل النمل الحرشفي سودا متورطًا في ذلك. جرى التكهن بأن الخفافيش قد تلعب دورًا في بيئة فيروس الإيبولا، على الرغم من أن ذلك غير مؤكد. في حين أن انتقال داء الكلب من الخفافيش إلى البشر يحدث عادة عن طريق العض، فإن معظم فيروسات الخفافيش الحيوانية الأخرى تنتقل عن طريق الاتصال المباشر بسوائل الخفافيش المصابة مثل البول أو ذرق الطائر أو اللعاب، أو من خلال الاتصال مع مضيف وسيط مصاب غير الخفافيش. لا يوجد دليل قاطع على أن ذبح أو استهلاك لحوم الخفافيش يمكن أن يؤدي إلى حدوث انتقال فيروسي، على الرغم من أن هذا ما جرى التكهن به.
على الرغم من كثرة الفيروسات المرتبطة بالخفافيش، فإنها نادرًا ما تصاب بالأمراض ذات العدوى الفيروسية، وداء الكلب هو المرض الفيروسي الوحيد المعروف بأنه يقتل الخفافيش. أُجري الكثير من الأبحاث حول فيروسات الخفافيش، وخاصة على الاستجابة المناعية للخفافيش. تختلف أجهزة المناعة لدى الخفافيش عن غيرها من الثدييات في افتقارها إلى العديد من الجسيمات الالتهابية، والتي تنشط استجابة الجسم الالتهابية، بالإضافة إلى استجابة مُثبَّطة لمحفز جينات الإنترفيرون مما يساعد على التحكم في استجابة المضيف للعوامل الممرضة. تشير الدلائل الأولية إلى أن الخفافيش هي بالتالي أكثر تحملًا للعدوى من الثدييات الأخرى. في حين أن الكثير من الأبحاث قد تركزت على الخفافيش كمصدر للأمراض الحيوانية المنشأ، وقد وجدت المراجعات نتائج مختلطة حول ما إذا كانت الخفافيش تأوي فيروسات حيوانية أكثر من المجموعات الأخرى. وجدت مراجعة عام 2015 أن الخفافيش لا تأوي فيروسات حيوانية المنشأ أكثر من الرئيسيات أو القوارض، على الرغم من أن المجموعات الثلاث تأوي فيروسات أكثر من الثدييات الأخرى. في المقابل، وجدت مراجعة أجريت عام 2020 أن الخفافيش لا تحتوي على فيروسات حيوانية المنشأ أكثر من أي مجموعة أخرى من الطيور أو الثدييات، وذلك عند قياس التنوع الفيروسي نسبة لتنوع المضيف، حيث أن الخفافيش هي ثاني أكثر الثدييات تنوعًا.