الفطريات الطبية (الإنجليزية: Medicinal fungi) هي تلك الفطريات التي تنتج نواتج هامة طبيا أو يمكن أن تتسبب في إنتاج مثل هذه المستقلبات باستخدام التكنولوجيا الحيوية.
و مجال المركبات النشطة طبيا التي تم تحديدها يشمل المضادات الحيوية والأدوية المضادة للسرطان ومثبطات الكولسترول والمؤثرات العقلية وأدوية كبت المناعة وحتى مبيدات الفطريات. على الرغم من الاكتشافات الأولية تركز على عفن بسيط من النوع الذي يسبب تلف المواد الغذائية فإنه في وقت لاحق تم العمل على مركبات مفيدة عبر مجموعة واسعة من الفطريات.