فانكوميسين (الاسم العلمي: Vancomycin) هو مضادٌ حيويٌ ببتيديٌ سكري يستعمل لعلاج عداوًى بكتيريةٍ محددة. يُعطى وريديًا لعلاج الحالات المُعقدة من عداوى الجلد، والإنتان، والتهاب الشغاف، وعداوى المفاصل والعظام، والتهاب السحايا الناتج عن المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثيسيلين. يُمكن قياس مستويات الفانكوميسين في الدم لتحديد الجرعة الصحيحة. يُعطى الفانكوميسين فمويًا لعلاج عداوى المطثِّيَّة العسيرة، مع العلم بأنَّ امتصاصه يكون ضعيفًا عن إعطائه فمويًا.
قد يُسبب الفانكوميسين عددًا من الآثار الجانبيَّة، وتتضمن حدوث ألمٍ في منطقة الحقن مع ردود فعلٍ تحسسيَّة. كما قد يُسبب أحيانًا فقدان السمع أو انخفاض ضغط الدم أو كبت نِقْي العظم. لم تتضح سلامة هذا الدواء أثناء الحمل، ولكن لم يُعثر على أي دليلٍ على ضرره، ويُرجح بأنَّ استعماله آمنٌ أثناء الرضاعة الطبيعية. يُعد الفانكوميسين نوعًا من المضادات الحيويَّة الببتيديَّة السكريَّة، حيث يعمل على منع بناء الجدار الخلوي.
اعتُمد الفانكوميسين لاستعماله طبيًا في الولايات المتحدة عام 1958. كما أُدرج في قائمة الأدوية الأساسية النموذجية لمنظمة الصحة العالمية، وتصنفه منظمة الصحة العالمية بأنه هامٌ للغاية في الطب البشري. يُصنّع الفانكوميسين بواسطة بكتيريا التربة شبيهة عديمة الميكولات الشرقية (الاسم العلمي: Amycolatopsis orientalis).